Olá Saulo, tudo bem? Peço desculpas pela demora em ti responder! Respondendo sua dúvida, não, a sua aplicação PHP já estará nessa sua segunda instância que foi criada com base na imagem da primeira instância que já tinha toda a aplicação pronta e configurada, é uma foto exata da outra máquina. Você vai conseguir identificar no decorrer desde curso que é justamente isso que vai ser feito.
Porém, recomendo você ir para a nova versão desse curso, que é o curso de Curso de
Deploy no Amazon EC2: Alta disponibilidade e escalabilidade de uma aplicação.
Espero ter esclarecido sua dúvida!