Oi Vinicius, eu não coloquei mais acima, mas você chegou a configurar o JS da página?
antes do </body> você adiciona o js do JQuery e do bootstratp.js, conforme a configuração básica do Bootstrap 3.3
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<!-- The above 3 meta tags *must* come first in the head; any other head content must come *after* these tags -->
<title>Bootstrap 101 Template</title>
<!-- Bootstrap -->
<link href="css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
<!-- HTML5 shim and Respond.js for IE8 support of HTML5 elements and media queries -->
<!-- WARNING: Respond.js doesn't work if you view the page via file:// -->
<!--[if lt IE 9]>
<script src="https://oss.maxcdn.com/html5shiv/3.7.3/html5shiv.min.js"></script>
<script src="https://oss.maxcdn.com/respond/1.4.2/respond.min.js"></script>
<![endif]-->
</head>
<body>
<h1>Hello, world!</h1>
<!-- jQuery (necessary for Bootstrap's JavaScript plugins) -->
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>
<!-- Include all compiled plugins (below), or include individual files as needed -->
<script src="js/bootstrap.min.js"></script>
</body>
</html>
Caos queira ver melhor a configuração clique aqui, partindo do exemplo acima segue a configuração que eu fiz:
<html>
<head>
<title>Minha loja</title>
<meta charset="utf-8">
<link href="css/bootstrap.css" rel="stylesheet" />
<link href="css/loja.css" rel="stylesheet" />
</head>
<body>
<div class="navbar navbar-inverse navbar-fixed-top">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<a href="index.php" class="navbar-brand">Minha Loja</a>
</div>
<div>
<ul class="nav navbar-nav">
<li><a href="produto-formulario.php">Adiciona Produto</a></li>
<li><a href="sobre.php">Sobre</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</div>
<script src="js/jquery.js"></script>
<script src="js/bootstrap.js"></script>
</body>
</html>
No exemplo que dei também esqueci de colocar as tags body, se isso foi algum transtorno me desculpe.
Espero ter ajudado
