Oi Leo, tudo bom?
Muito provavelmente, não existe uma biblioteca que seja capaz de fazer isso.
Isso porque Flask atua no ciclo de vida da aplicação pré-renderização e a mensagem de confirmação aparece, normalmente, depois da renderização.
Não que seja impossível fazer o back-end renderizar a mensagem de erro. Porém, a página precisaria carregar já com a mensagem exibida para ser escondida após a confirmação (e continuar carregada no HTML da página). Isso faria com que você fosse obrigado a adicionar um if na sua view verificando se existe um erro ou não para exibir tudo no final da requisição.
E, normalmente, quando queremos gerenciar o estado do HTML renderizado, utilizamos o Javascript mesmo que tem muito mais flexibilidade para lidar com os elementos. Então acredito que sua abordagem seja a correta mesmo =)
Abraço