Oi Lúcio,
Uma linguagem de programação é apenas um meio para instruir o computador a fazer algo. Teoricamente falando, tudo o que você resolve com Java você também resolve com Python, C++, etc.
Na prática as coisas não são bem assim. Cada linguagem tem sua peculiaridade, suas vantagens e desvantagens, o que nos leva a escolher diferentes linguagens para diferentes situações.
No caso de machine learning, Python é uma linguagem muito popular por oferecer bibliotecas poderosas e eficientes. Também arrisco a dizer que sua simplicidade contribui para sua popularidade.
Já no caso do Java, também temos bibliotecas poderosas e eficientes, podendo sim trabalhar com classificação. Entretanto, não é a linguagem mais popular entre os cientistas de dados.
Tudo o que você aprendeu no curso que usa Java pode ser implementado com Python e vice-versa. É interessante que você tenha contato com ambas as linguagens para que possa escolher a que mais te agrada.
Pessoalmente, recomendo que você continue estudando com Python. A comunidade é grande e as ferramentas são ótimas. A maioria dos cursos de machine learning nas universidades (como USP no Brasil ou MIT nos EUA) utilizam Python.
Aqui vai um post (em inglês) sobre popularidade das linguagens na área, onde podemos ver o Python em primeiro lugar: https://www.ibm.com/developerworks/community/blogs/jfp/entry/What_Language_Is_Best_For_Machine_Learning_And_Data_Science?lang=en
