Olá Allan, tudo bem?
De fato, o Net. Maui é uma tecnologia relativamente nova, lançada em maio de 2021, enquanto o Flutter já está no mercado há alguns anos. Porém, é importante lembrar que a maturidade de uma tecnologia não está necessariamente relacionada ao tempo de existência, mas sim à sua estabilidade, desempenho e aceitação no mercado.
Atualmente, o Net. Maui ainda está em fase de prévia, o que significa que ainda não é recomendado para uso em produção. No entanto, a Microsoft tem trabalhado constantemente no desenvolvimento da tecnologia e a expectativa é que ela se torne mais madura com o tempo.
Quanto à sua familiaridade com C# e Javascript, isso pode ser um ponto positivo na hora de aprender Dart, a linguagem de programação utilizada pelo Flutter. Acredito que você não terá dificuldades em aprender a nova linguagem, caso decida seguir por esse caminho.
Espero ter ajudado e bons estudos!