Olá Gabriel, tudo bem?
Pelo que entendi, você está tendo dificuldades para encontrar o arquivo index.html gerado pelo javadoc, correto? É importante lembrar que o caminho do arquivo pode variar dependendo das configurações que você utilizou na hora de gerar a documentação.
Uma possível explicação para o arquivo ter ido parar na pasta script-dir é que você tenha utilizado algum parâmetro na linha de comando que tenha alterado o caminho padrão de saída. Por exemplo, se você utilizou o parâmetro -d seguido do caminho para a pasta script-dir, o arquivo index.html será gerado nessa pasta.
Para encontrar o arquivo, sugiro que você faça uma busca na pasta script-dir pelo nome index.html. Caso ainda tenha dúvidas, verifique as configurações que você utilizou na hora de gerar a documentação e certifique-se de que não tenha alterado o caminho de saída por engano.
Espero ter ajudado e bons estudos!