E aí, Guilherme!
A substituição dos arquivos não afeta a indexação imediatamente, pois ainda é preciso que o crawler passe por lá para ver as mudanças. Entretanto, se seu contato.php for clicado, o resultado exibido será sempre o mais recente.
Exemplo: vamos supor que seu contato.php estava indexado com o título "Contato". Após as alterações, você colocou o título "Fale Conosco". Antes do crawler passar pelo seu site novamente, a página contato.php ainda vai exibir "Contato" como título na busca, mas ao ser clicada o que vai aparecer é "Fale Conosco".
O exemplo foi com o título da página, mas isso vale para qualquer alteração.
Sobre a remoção de uma página, ela continuará sendo indexada até que o crawler passe novamente e veja que ela não está mais lá. Antes disso, com ela aparecendo na busca, será exibido um triste erro 404, file not found.
Espero ter ajudado, bons estudos!