Manipulando Array

Algumas modificações:

<meta charset="UTF-8" />

<input />
<button>Compare com o meu segredo</button>
<div>
  <h4>Números encontrados!</h4>
  <label></label>
</div>

<script>
  sorteia = () => {
    return Math.round(Math.random() * 10);
  };

  sorteiaNumeros = (quantidade) => {
    let segredos = [];

    let numero = 1;

    while (numero <= quantidade) {
      let numeroAleatorio = sorteia();
      let achou = false;

      if (numeroAleatorio !== 0) {
        for (segredo in segredos) {
          if (segredos[segredo] == numeroAleatorio) {
            achou = true;
            break;
          }
        }

        if (!achou) {
          segredos.push(numeroAleatorio);
          numero++;
        }
      }
    }

    return segredos;
  };

  let segredos = sorteiaNumeros(3);

  let input = document.querySelector("input");
  let label = document.querySelector("label");
  input.focus();

  verifica = () => {
    let achou = false;

    for (segredo in segredos) {
      if (input.value == segredos[segredo]) {
        alert("Você ACERTOU!");
        label.innerHTML += segredos[segredo];
        achou = true;
        break;
      }
    }

    if (!achou) {
      alert("Você ERROU!");
    }

    input.value = "";
    input.focus();
  };

  let button = document.querySelector("button");

  button.addEventListener("click", verifica);
</script>