Olá Vinícius!
Peço desculpas pela demora.
O PyCharm costuma ter alguns bugs. Não posso dizer com precisão porque eles ocorrem. Preciso saber qual o seu sistema operacional.
Já tentou re-instalar a IDE?
Será que não pode ter sido algum arquivo corrompido que causou esse problema?
Caso use o Windows recomendo que você desinstale a IDE, basta ir no painel de controle > meus programas > PyCharm > desinstalar. Após isso baixe no site oficial a versão mais recente e instale novamente:
https://www.jetbrains.com/pycharm/download/download-thanks.html?platform=windows&code=PCC
Caso use Linux/Ubuntu talvez possa ter dado algum problema na forma da instalação.
Se você usa o Ubuntu 16.10 ou 17.04 tem uma maneira de fazer por repositórios:
1 - Abra o terminal (CTRL + ALT + T)
2 - Adicione o repositório:
sudo add-apt-repository ppa:viktor-krivak/pycharm
3 - Atualize o gerenciador de pacotes:
sudo apt-get update
Para instalar a IDE básica:
sudo apt-get install pycharm
Se precisar desinstalar:
sudo apt remove --autoremove pycharm pycharm-professional
Aguardo seu retorno pra saber se deu certo!
Caso não dê, irei atrás de outras soluções pra ti ok?
Mas recomendo que se o PyCharm for um empecilho muito grande para o seu estudo que não se prenda a esse problema. Existem outras soluções no mercado.
Python é uma linguagem muito simples e maleável, normalmente você não precisa de uma IDE robusta pra programar em Python, já trabalhei em empresa onde programadores Python usavam editores mais "simples" como:
Visual Studio Code: https://code.visualstudio.com/ (Meu preferido, recomendo demais :D)
Sublime Text: https://www.sublimetext.com/
Atom: https://ide.atom.io/
LiClipse: http://www.pydev.org/ (Uma versão do eclipse para Python)
Uma coisa interessante a se mencionar também é que trabalhavamos com software pesado, era um ERP e CRM feito em Python, e esses editores davam conta do recado (muito bem por sinal)! :D
O VS Code tem um suporte muito bacana para a linguagem com plugins feitos pela própria Microsoft:
https://code.visualstudio.com/docs/languages/python
Espero ter te ajudado! :D
Qualquer coisa pode mandar aqui! ^^