O erro esta no laço. Quando acerta você passa o valor para 3 e o 3 ainda entra no laço.

Segue explicado.

    var loginCadastrado = "alura"; // Usuario cadastrado
        var senhaCadastrado = "alura321"; // Senha cadastrada

        var maximoTentativas = 3; // Numero maximo de tentativas
        var atualTentativas = 1; // Inicia na tentativa 1

        while(atualTentativas <= maximoTentativas){ // Laço de repetição de login

            var loginInformado = prompt("por favor, Digite o seu Login"); // Iteração por prompt pedindo o usuario
            var senhaInformado = prompt("por favor, Digite a sua senha"); // Iteração por prompt pedindo a senha

            // verifica se o usuario informado é igual ao cadastrado e se a senha informada é igual a cadastrada
            if( loginInformado == loginCadastrado && senhaInformado == senhaCadastrado){ 

                // Caso esteje correto ele mostra a mensagem e o login
                alert("Bem vindo ao Sistema Alura" + loginInformado);

                //sugiro colocar 4 ou assim, pois seu laço é <= e nunca vai parar
                atualTentativas = maximoTentativas+1;

            } else {
                // caso seja a ultima ele mostrara a mensagem abaixo
                if(atualTentativas == 3){

                    alert("Numero de Tentativas Ultrapassado!!");

                } else{
                    // caso tenha errado mostrara a mensagem abaixo
                    alert("Login Inválido, Tente Novamente");

                }

                        //atualTentativas = atualTentativas + 1;
                        atualTentativas ++;
                    }

                }