Ao invés de centralizar na canva eu comecei a cabeça do Creeper em X=0 e Y= 0, algum problema?
<canvas width= "600" height="400" ></canvas>
<script>
var canva = document.querySelector('canvas');
var pincel = canva.getContext('2d');
// X, Y , Largura e altura
//cabeça
pincel.fillStyle = 'green'
pincel.fillRect(0, 0, 350, 300);
//olho 1
pincel.fillStyle = 'black'
pincel.fillRect(60, 60, 90, 90);
//olho 2
pincel.fillStyle = 'black'
pincel.fillRect(210, 60, 90, 90);
//nariz
pincel.fillStyle = 'black'
pincel.fillRect(140, 140, 70, 100);
//parte da boca 1
pincel.fillStyle = 'black'
pincel.fillRect(100, 190, 40, 110);
//parte da boca 2
pincel.fillStyle = 'black'
pincel.fillRect(210, 190, 40, 110);
</script>