Ao invés de centralizar na canva eu comecei a cabeça do Creeper em X=0 e Y= 0, algum problema?
<canvas width= "600" height="400" ></canvas>
<script>
    var canva = document.querySelector('canvas');
    var pincel = canva.getContext('2d');
        // X, Y , Largura e altura
    //cabeça
    pincel.fillStyle = 'green'
    pincel.fillRect(0, 0, 350, 300);
    //olho 1
    pincel.fillStyle = 'black'
    pincel.fillRect(60, 60, 90, 90);
    //olho 2
    pincel.fillStyle = 'black'
    pincel.fillRect(210, 60, 90, 90);
    //nariz
    pincel.fillStyle = 'black'
    pincel.fillRect(140, 140, 70, 100);
    //parte da boca 1
    pincel.fillStyle = 'black'
    pincel.fillRect(100, 190, 40, 110);
    //parte da boca 2
    pincel.fillStyle = 'black'
    pincel.fillRect(210, 190, 40, 110);
</script>  
            