Solucionado
Tenho um ListView com checkbox e notei que quando a lista é muito grade o listview tem uma barra de rolagem. Até aí tudo bem. O estranho é quando marco um checkbox no topo da lista e depois de rolar até o final, se eu voltar pro topo da lista o checkbox está desmarcado. Tem algum motivo para isso?
Provavelmente tu não está salvando o estado do seu recyclerView para fazer um bind.
Segui esse tuto e não tive mais problemas. Espero que lhe ajude.
https://android.jlelse.eu/android-handling-checkbox-state-in-recycler-views-71b03f237022
Desculpe. Já resolvi o problema. Na verdade eu não sei usar o RecyclerView. Uso um listView. Mas a logica que usei foi a mesma que você disse. Eu armazenei a marcação do checkbox no meu array. No adapter se estiver com o valor o checkbox permanesse marcado. Mesmo assim obrigado pela ajuda.