Por algum motivo que eu não sei, as empresas cadastradas não são imprimidas, porem caso eu use o código com for a lista sai normalmente.
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pageEncoding="ISO-8859-1"%>
<%@ page import ="java.util.List , br.com.alura.gerenciador.servlet.Empresa" %>
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<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="ISO-8859-1">
<title>Insert title here</title>
</head>
<body>
Lista de empresas: <br />
<ul>
<c:forEach items="${empresas}" var="empresa">
<li>${empresa.nome } </li>
</c:forEach>
</ul>
</body>
</html>
