Olá Thainá, tudo bem?
Em muitas ferramentas na AWS acaba surgindo este tipo de dúvida mesmo já que há em vários casos ferramentas diferentes para resolver problemas parecidos. Na maioria das vezes essa resposta vem analisando o grau de experiência em nuvem de quem irá manter a infraestrutura, o orçamento, a necessidade de integrações com outras ferramentas ... O Lightsail por ex é indicado para quem está começando com instâncias na nuvem, iniciando estudos sobre nuvem AWS, o número de features é mais limitado e como você mesma pontuou ao falar de interface mais amigável, exatamente para atrair pessoas iniciantes. Pessoalmente nunca vi no uso corporativo implementações feitas no Lightsail.
Já EC2 oferece formas mais robustas e diversificadas de provisionamento, escalabilidade e integração, cobrança e personalização também com número maior de opções.
Um abraço e bons estudos.