Oi Wilton, tudo bom?
Nesse caso, cada produto tem sua licença.
Se você utiliza um sistema operacional baseado na GPL e um software rodando nesse sistema operacional sob licença privada. Por mais que um dependa do outro legalmente são produtos diferentes.
Assim como os softwares que a gente faz. Se você quiser fazer um software livre, com código aberto e usar alguma lib paga nele, quem fosse usar seu software se quisesse usar a lib teria que pagar.
Da mesma forma que a gente paga pra usar um software, por exemplo o spotify, em um sistema operacional gratuito como o Ubuntu =)
Abraço