Let

Boa noite Josimar! Nesse caso ele ficou acima do while por questão de escopo. Se essa variável fosse declarada dentro do while, ela só seria interpretada dentro dele. Ou seja, você só poderia trabalhar com essa variável dentro do while. Declarando ele do lado de fora, ele fica livre para você trabalhar com ele fora do while.

Você pode fazer um teste legal. Faça a declaração dessa variável dentro while depois faça um console.log dessa variável fora do while para exibir o valor dela

let contador = 0;

while(contador <3){
    let destinoExiste = false;
    if(destinos[contador] == destino){

        destinoExiste = true;
        break;
    }else{
        destinoExiste = false;
    }
    contador ++;


}
console.log("Destino existe; ", destinoExiste);

e tente rodar o programa. ele ira retornar dizendo que essa variavel não foi definida. Isso porque ela só existe dentro do while.