Boa tarde Marcos, tudo bem ^^
É comum isso acontecer com a shape builder tool, veja algumas coisas para tentar corrigir.
1º - Confirme se os dois objetos estão selecionados, se apenas um estiver selecionado ele pode vir a trazer este aviso informando que nao é possível aplicar o efeito
2º - Veja se de fato os dois objetos estão incostando, as vezes parece que estão encostando e no fundo estão separados por 1 pixel, entaço aproxima confirme isso, selecione os dois objetos e ai sim tente aplicar o efeito explicado pelo professor.
Tente verificar isso ok, se nao der certo poste aqui novamente que vamos achar uma solução.
Um grande abraço e bons estudos pra ti =).