Olá Guilherme,
Entendo sua dúvida em relação ao uso do EntityManager no curso de Spring MVC. Na verdade, o EntityManager é uma interface que é implementada pelo Hibernate, que é o provedor de persistência padrão utilizado pelo Spring.
Quando você declara o atributo EntityManager na sua classe, o Spring injeta automaticamente uma instância do EntityManager no seu objeto, permitindo que você possa usá-lo sem precisar criar uma factory, como você fez no curso de JPA:Hibernate.
Espero que isso tenha esclarecido sua dúvida. Se precisar de mais informações, fique à vontade para perguntar.
Espero ter ajudado e bons estudos!