Inserindo valores

Os professores ensinam assim para não gastar muito tempo, pois iria demorar muito tempo se eles tivessem que ficar digitando toda vez que fosse testar algo.

Mas você pode fazer assim:

package br.com.jorge;

import java.util.Scanner;

public class ScannerTest {

    public static void main(String[] args) {
        Scanner scan = new Scanner(System.in);

        System.out.println("Qual o seu nome: ");
        String nome = scan.next();

        System.out.println("Digite a primeira nota: ");
        int nota1 = scan.nextInt();

        System.out.println("Digite a segunda nota: ");
        int nota2 = scan.nextInt();

        double media = (nota1 + nota2) / 2;

        System.out.printf("O aluno %s tirou uma nota de %.2f", nome, media);

        //Sempre feche o Scanner apos o uso
        scan.close();
    }

}

O Scanner faz com que você consiga mandar valores pelo terminal.

Espero ter ajudado :)