Tive bastante dificuldade nesse exercício e acabei olhando a resposta do instrutor para poder ter um norte de como resolver. Acabei fazendo apenas pequenas modificações. Dei uma olhada no fórum e vi algumas ideias que eu já havia pensando também e acabei implementando no código.

<meta charset="UTF-8">

<h1>Receitas do Yan</h1>

<script>
    var ingredientes = [];

    var quantidade = parseInt(prompt("Quantos ingredientes você vai adicionar?"));

    var contador = 1;

    while( contador <= quantidade) {

        var ingrediente = prompt("Informe o ingrediente " + contador);

        var ingredienteRepetido = false;

        for( var posicao = 0; posicao < ingredientes.length; posicao++) { 

            if( ingredientes[posicao] == ingrediente) {

                ingredienteRepetido = true;
                alert(ingrediente + ", já informado, infome o ingrediente " + contador);
                break;
            }
        }
        if( ingredienteRepetido == false) {
        ingredientes.push(ingrediente);

        contador++;
    }
}
    console.log(ingredientes);
</script>