Se alguém estiver usando o navegador Firefox, vai notar que o atributo checked parece não fazer nada, e que a seleção continua a mesma lá embaixo quando a página é recarregada (F5). O Firefox faz isso mesmo; é só apertar Ctrl+F5 que deve funcionar!
(Isso acontece porque o Firefox grava o estado das páginas, quase tudo que for alterado vai ficar salvo até que se feche e reabra ou recarregue sem o cache, usando o Ctrl+F5.)
Também pode ser colocado um autocomplete="off" na tag do input/form pra fazer testes mais extensos e não correr o risco de bugar as extensões de IDE, pra quem usar. Só não esqueçam de tirar depois do teste, porque isso também afeta a função de autopreencher dados salvos (e-mail, nome, telefone, por exemplo).
Se for desligar o autocomplete no formulário todo, basta colocar o autocomplete na abertura da tag, desta forma: <form autocomplete="off">. Se for usar pra uma parte específica do formulário, tem que colocar em cada input que quiser isolar. Se esse input parte de um grupo, como é o caso do input type="radio" do nosso, tem que colocar em todas as tags do mesmo grupo, senão o checked não funciona direito.
Fica assim:
<form>
<!--outros inputs acima-->
<label><input type="radio" name="contato" value="email" autocomplete="off">E-mail</label>
<label><input type="radio" name="contato" value="telefone" autocomplete="off">Telefone</label>
<label><input type="radio" name="contato" value="whatsapp" autocomplete="off" checked>WhatsApp</label>
</form> 