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Solucionado (ver solução)

Infelizmente o meu forge não executa...

recebo uma mensagem que não consigo nem identificar o por quê...

FORGE - training program for SNAP (version 2006-07-28)

usage: forge [options] <ann> <dna> [options]
options:
  -help
  -verbose
  -pseudocount <float>  [1]   (absolute number for all models)
  -pseudoCoding <float> [0.0] (eg. 0.05)
  -pseudoIntron <float> [0.0]
  -pseudoInter <float>  [0.0]
  -min-counts           [0]
  -lcmask [-fragmentN]
  -utr5-length <int>    [50]
  -utr5-offset <int>    [10]
  -utr3-length <int>    [50]
  -utr3-offset <int>    [10]
  -explicit <int>       [250]
  -min-intron <int>     [30]
  -boost <file>  (file of ID <int>)
1 resposta
solução

Ok. Problema resolvido. O ubuntu estava chamando um outro programa "forge" que estava no ambiente. ; ) Bastou executar com o caminho completo.