Quando você clica no item da lista ele mostra o aviso de "adicionado" e coloca "1" no canto direito? Ou o problema é quando você clica várias vezes no produto?
Deixe o console ativado para ver se não aparece alguma mensagem de erro (sintaxe ou carregamento de arquivo).
Na página index, o HTML deve estar assim  (exemplo)
<div id="bolos" class="section">
        <h6 class="container brown-text">Fatia</h6>
        <div class="collection">
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Só de Cenoura</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Com Nutella</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">De Brigadeiro</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Açucarado</a>
        </div>
        <h6 class="container brown-text">Inteiro</h6>
        <div class="collection">
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Só de Cenoura inteiro</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Com Nutella inteiro</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">De Brigadeiro inteiro</a>
            <a class="collection-item waves-effect black-text">Açucarado inteiro</a>
        </div>
    </div>
No final da página index, os includes devem estar assim
<script src="cordova.js"></script>
    <script src="js/jquery.min.js"></script>
    <script src="js/materialize.min.js"></script>
    <script src="js/app.js"></script>
No seu arquivo app.js, a programação que ativa o clique no produto deve estar assim:
$('.collection').on('click', '.collection-item', function(){
        var $badge = $('.badge', this);
        if ($badge.length === 0) {
            $badge = $('<span class="badge brown-text">0</span>')
                        .appendTo(this);
        }
        $badge.text(parseInt($badge.text()) + 1);
        var nomeProduto = this.firstChild.textContent;
        Materialize.toast(nomeProduto + ' adicionado', 1000);
    });