Incremento

Consegui resolver obrigado, estava faltando um continue depois do else no i-- <meta charset="UTF-8">
<script>    

var sorteados = [];

for(var i = 0; i < 6; i++) {
    var numeros = Math.round(Math.random() * 60);

    while(sorteados.includes(numeros)) {
        numeros = Math.round(Math.random() * 60);
    }

    sorteados.push(numeros);
}


var meuNumero = [];

for(var i = 0; i < 6; i++){
    var numero = parseInt(prompt("Digite o numero: "));    

    if(numero <= 60){


    }else{

        alert("Numero maior que 60");
        i--;
    // aqui faltou um continue

    continue;
    }

    while(meuNumero.includes(numero)){

        alert("Numeros iguais");
        numero = parseInt(prompt("Digite o numero"));            

    }
    meuNumero.push(numero);
}


var count = 0;
var meusSorteados = [];
for(var i = 0; i < meuNumero.length; i++){

    for(var j = 0; j < sorteados.length; j++) {

        if(meuNumero[i] == sorteados[j]){                    

            meusSorteados.push(meuNumero[i]);
            count++;
        }

    }
}
if(count == 0) {
    alert("Voce não acertou nenhum numero da sena, que pena");
}if(count == 1) {
    alert("Voce acertou um numero da sena, ele é o numero: " + meusSorteados);
}
if(count > 1){
    alert("Voce acertou " + count + " numeros, eles são: " + meusSorteados);
}

console.log(sorteados);
console.log(meuNumero);

console.log(meusSorteados);

</script>