Solucionado
Meu problema também está relacionado com a seleção dos Hexágonos. Meu After esta atualizado para versão 17.0.0 Build 557 e parece que os hexágonos são uma coisa só (tipo uma imagem).
Na edição dos conjuntos estão todos separados, consigo criar os conjuntos, mas só consigo selecionar um a um no campo de composição. Na tela... não habilita de jeito nenhum... ou se eu selecionar e arrastar aparentemente ele seleciona o hexágono. Mas isso... um por um.
Ja achei o problema.
Quando clico no arquivo Colmeia e dou o comando Create Shapes from Vector Layer, estava criando uma camada em cima de todas colméias. Só descobri, pois fui desligando todos grupos até sobrarem 23 grupos vazios.... sendo que um deles, um quadradro da largura do layer estava sobrepondo todos os outros.
Depois que eu apaguei o layer que estava em cima dos outros, consegui selecionar os grupos com o mouse. Mesmo assim, me sobrou um grupo, que eu chamei de lixo com 21 grupos sem informação.