Bom dia Gabriel, tudo bem.
É um pouco confuso mesmo, mas funciona assim:
Você pode ter times, é o que fica mostrando do lado direito da tela com uma tag escrito free do lado.
Nestes times você só pode ter 3 projetos do figjam e 3 de figma como design. O que confunde é que dentro destes times existem grupos de projetos e esses grupos contam como um projeto e as vezes tem algo ali que a gente não viu, olha a imagem abaixo do meu figma:
Neste caso do print, eu estou selecionando o time Luiz Lima, e veja que nele tem dois grupos, First Project e Design system, eu tive o mesmo problema que você, e quando fui ver é por que existia um documento dentro deste grupo Design system, quando fui la e apaguei consegui colocar tudo dentro do mesmo grupo FIRST PROJECT.
Da uma olhada nos seus TIMES e dentro dele quantos projetos você tem criado, lembrando que você pode apenas ter 3 arquivos do figjam e 3 arquivos do FIGMA dentro de cada TIME.
Um abraço