No meu caso minha irmã é mais velha então precisei colocar a idade dela antes para poder funcionar a subtração, podemos colocar uma forma de identificar a maior idade para fazer a subtração de forma correta não importando a ordem que foi escrita?
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
}
var idadeIrma = 32;
var minhaIdade = 29;
mostra("Nossa diferença de idade é " + (idadeIrma - minhaIdade));
pulaLinha();
</script>