Não vi a solução de forma simples então resolvi postar o que eu fiz.
No MySql UPDATE user SET authentication_string=PASSWORD('1234') WHERE User='root';
No Linux sudo service mysql stop sudo service tomcat8 stop sudo service mysql start sudo service tomcat8 start
Claro que você pode aglomerar os comandos, lembrando que o banco sobre 1º.
Reinstalar o Mysql definindo a senha no inicio também resolve.
