Eu tenho um projeto pessoal usando hibernate com java 9, e me parece que não roda de jeito nenhum! Segue pedaços do erro:
log4j:WARN No appenders could be found for logger (org.jboss.logging).
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
log4j:WARN See http://logging.apache.org/log4j/1.2/faq.html#noconfig for more info.
Exception in thread "JavaFX Application Thread" java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException
at javafx.fxml/javafx.fxml.FXMLLoader$MethodHandler.invoke(FXMLLoader.java:1787)
at javafx.fxml/javafx.fxml.FXMLLoader$ControllerMethodEventHandler.handle(FXMLLoader.java:1670)
...
Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: javax/xml/bind/JAXBException
at org.hibernate.boot.spi.XmlMappingBinderAccess.<init>(XmlMappingBinderAccess.java:43)
at org.hibernate.boot.MetadataSources.<init>(MetadataSources.java:87)
at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderImpl.<init>(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:208)
at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderImpl.<init>(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:170)
at org.hibernate.jpa.boot.spi.Bootstrap.getEntityManagerFactoryBuilder(Bootstrap.java:76)
...
at org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider.getEntityManagerFactoryBuilderOrNull(HibernatePersistenceProvider.java:129)
at org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider.getEntityManagerFactoryBuilderOrNull(HibernatePersistenceProvider.java:71)
at org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider.createEntityManagerFactory(HibernatePersistenceProvider.java:52)
at javax.persistence.Persistence.createEntityManagerFactory(Persistence.java:55)
at javax.persistence.Persistence.createEntityManagerFactory(Persistence.java:39)
at br.com.bookper.coneccoes.util.JPAUtil.<clinit>(JPAUtil.java:9)
at br.com.bookper.controladores.ControladorLoginESenha.clickRegistrar(ControladorLoginESenha.java:108)
... 62 more
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: javax.xml.bind.JAXBException
at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass(BuiltinClassLoader.java:582)
at java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass(ClassLoaders.java:185)
at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:496)
... 75 more
(Preciso usar java 9 por causa de uma dependência, então usar java 8 não é viável) segue o github do projeto, caso queiram dar uma olhada mais de perto: https://github.com/vitorjordao/bookper