Olá Rafael, tudo bem?
Peço desculpas pela demora no retorno.
Segundo a documentação, um arquivo Excel precisa ser menor do que 1 GB, para ser carregado no Power BI:
Caso a sua planilha seja maior do que 1 GB, os seus dados realmente não serão carregados completamente. Não sei te informar Rafael, se em uma versão premium do Power BI, esse limite de carregamento de dados de um arquivo Excel é maior.
Então Rafael, vou deixar aqui para você um link da documentação do Power BI onde informa como Reduzir o tamanho de uma pasta de trabalho do Excel para exibi-lo no Power BI.
Outra opção que você também poderia ver, é tentar dividir os seus dados em dois arquivos, realizar a importação e tentar realizar a mesclagem das tabelas geradas após a importação dos arquivos. Caso você se interesse sobre está segunda opção, vou deixar aqui para você um artigo da Alura, sobre Power BI: Mesclando consultas no Power Query, que explica como a mesclagem funciona.
O instrutor durante o curso de Dashboard com Power BI: Construindo relatórios, na aula 04 Mapas e hierarquias na atividade 08 Carregando novos dados, também mostra como realizar combinação de tabelas.
Esper ter ajudado e bons estudos!