Um gráfico de barras ou colunas empilhado com porcentagens só faz sentido se a soma de todos os dados inseridos for igual a 100%. Portanto, a escolha entre porcentagem e números absolutos deve ser feita com base nos dados disponíveis.
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Gráficos empilhados - porcentagem ou números absolutos?
Faz bastante sentido a sua colocação. O que pode fazer uma pessoa optar pela porcentagem ou números absolutos pode estar tanto em na existência ou não da relação de totalidade dos dados, quanto na comparação relativa dos valores (percentual) ou quantitativa (qtd de dados registrados para cada categoria).
Forte abraço e bons estudos!