Gostaria de saber se existe algum problema no código

Boa noite, Daniel! Como vai?

O seu código funciona corretamente, acho que é sobre isso que vc queria saber. Estou certo?

No entanto, há pelo menos um detalhe observado por mim onde vc poderia melhorar ele! Veja que as linhas a seguir são repetidas dentro das funções desenhaBandeiraBrasil() e desenhaBandeiraAlemanha():

var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');

Reparou? Então, para não ter que repetir elas sempre dentro das funções, vc poderia tornar elas globais, fazendo assim:

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    // tornei globais as variáveis tela e pincel de modo que
    // não precise repetir a criação delas dentro das funções
    // de desenho.
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    function desenhaBandeiraBrasil() {

        pincel.fillStyle="green";
        pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

        pincel.fillStyle="yellow";
        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(300, 50);
        pincel.lineTo(50, 200);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(50, 200);
        pincel.lineTo(300, 350);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.fillStyle="darkblue";
        pincel.beginPath();

        pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
        pincel.fill();
    }


    function desenhaBandeiraAlemanha() {

        pincel.fillStyle = 'black';
        pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'red';
        pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'yellow';
        pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
    }

    function trocaBandeira() {

        setInterval(desenhaBandeiraAlemanha, 3000);
        setInterval(desenhaBandeiraBrasil, 6000);
    }

    trocaBandeira();

</script>

Pegou a ideia? Qualquer coisa é só falar!

Grande abraço e bons estudos, meu aluno!