Oi Edilson, tudo bem? Por trás do GitHub Pages roda um builder de sites chamado Jekyll. Ele tem alguns padrões que precisamos conhecer para construir o site certinho.

Até onde vi, pastas com _ no começo do nome, são pastas para conteúdo que ele fará processamento, você não pode por seus css ali. Ele não publica isso no site.

Tenta renomear as pastas.

Tem mais informações aqui: https://help.github.com/articles/files-that-start-with-an-underscore-are-missing/