Opa, Cibele!
Então, não precisa dar git init
toda vez que você fechar, beleza?
O arquivo Git foi criado no instante momento em que você dá git init pela primeira vez.
Vi que está na pasta padrão, que deve ser na do usuário do Windows. Tenta ir para a pasta que você já estava usando para editar o que precisa.
Não tenho certeza, mas o sistema pode ter identificado o Git e negado mesmo assim.
Não posso falar muita coisa porque não sou mais usuário de Linux, mas qualquer coisa, inicia como administrador o Git, ou vê alguma coisa na internet, caso o problema não se resolva, e eu tenha me equivocado escrevendo tudo isso.
Espero ter ajudado :D