Olá, Breno! Tudo certo?

Quando rodamos seu programa, o resultado esperado não ocorre. Isso está acontecendo devido ao uso do método parseInt() neste trecho de código:

var escolha= parseInt(prompt("você prefere vinho ou cerveja?"))

Uma vez que o usuário precisa digitar sua preferência de bebida, estamos, desse modo, esperando que ele envie um texto (um valor do tipo string). Em contrapartida, o método prompt(), o qual irá retornar o texto digitado pelo usuário, está sendo englobado pelo método parseint(), que realiza a conversão de string para int (número inteiro). O parseInt() somente trabalha com números; palavras como "vinho" e "cerveja" não entram nesse quesito.

Após a remoção desse método, teremos algo da seguinte forma:

var escolha = prompt("você prefere vinho ou cerveja?")

Além disso, recomendo retirar os sinais de parênteses que estão englobando os valores atribuídos às variáveis vinhoS e cervejaS, pois não são necessários. Desse modo, teremos algo assim:

var vinhoS = "vinho"
var cervejaS = "cerveja"

Depois das alterações acima, seu código ficará desta maneira:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var vinhoS = "vinho"
    var cervejaS = "cerveja"
    var escolha = prompt("você prefere vinho ou cerveja?")

    if(escolha == vinhoS) {
        mostra("boa escolha")
    }

    if(escolha == cervejaS) {
        mostra("cresce barriga mas bom")
    }

</script>

Caso tenha dúvidas sobre minha explicação ou com relação ao curso, sinta-se confortável para enviar suas perguntas no fórum! Fico à disposição para te ajudar no que for preciso.

Para turbinar ainda mais seus estudos, deixo como recomendação dois artigos da Alura sobre strings e como utilizar o método parseInt():

• Strings com JavaScript: o que são e como manipulá-las
• JavaScript: convertendo String para número

Até mais!