Quando estava tentando resolver sem conhecer a função "parseInt()" e o professor disse que na multiplicação o valor era convertido de String para número eu pensei "então multiplico por 1, vira número e daí eu faço o que quiser" .
Apenas deixar claro que foi uma gambiarra temporaria para testar, mas pode ser que algum dia isso sirva para alguém
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var vitoria = prompt("Qual número de vítorias do seu time?");
var empates = prompt("Qual número de empates");
var pontos = (empates * 1) + (vitoria *1 * 3);
mostra(vitoria);
pulaLinha();
mostra(empates);
pulaLinha();
pulaLinha();
mostra("Cada Vitória vale 3 pontos " + ((vitoria *1)* 3 ) +" pontos de vitória "+"<br>"+ "Cada empate vale 1 ponto: " + ((empates * 1)*1) + " pontos de empate"+"<br>"+ "Totalizando :" +
pontos + " Pontos totais");
</script>