Oi Rafael, todo bem?

Não sei se entendi muito bem a dúvida, mas vamos lá! O prompt() sempre vai interpretar o valor recebido naquela caixinha (pop-up) como uma string, independentemente dele ser uma string ou um número. Para resolver o problema da concatenação, precisamos que o valor passado a ele seja convertido em um número para que a conta dê certo, e isso é feito através da função parseInt() que converte o valor em string para um número.

No exercício feito em aula, o valor 3 informado pelo professor na linha var pontos = vitorias * 3 + empates;, representa quanto cada vitória vale no placar de ponto. Portanto:

1. Inserimos a quantidade de vitórias no prompt (pop-up) e convertemos o valor para um número através do parseInt();
2. Inserimos a quantidade de empates no prompt (pop-up) e também convertemos o valor para um número através do parseInt();
3. Multiplicamos o valor de vitórias que informamos anteriormente por 3;
4. Somamos o resultado de vitórias * 3 com os empates;
5. Guardamos o resultado da conta na variável pontos para no final exibirmos tudo na tela através do mostra("Os pontos do seu time são " + pontos);

Não sei se isso ajudou a sanar a sua dúvida, mas avisa aí que algo ainda não ficou claro. Estou à sua disposição!

Bons estudos!!