Fala, Abrahão, tudo bem?
A sua confusão decorre de não entender com clareza sobre os métodos built-in do python, isto é , os métodos que já nascem com a própria linguagem python e que independem de serem chamados por outros objetos. É esse justamente o caso do método len() que você citou. Por ser um método built-in, ele é chamado diretamente sem ser referenciado por qualquer objeto antes. O mesmo vale, por exemplo, para o método str(), que recebe um objeto e o converte para string, ou o método int() que recebe um objeto e o converte para inteiro...
Pense, por exemplo, no método print() que também é chamado diretamente e se encarrega de exibir seu conteúdo na tela.
Todos esses métodos built-in são chamados diretamente pelo seu próprio nome, não dependendo de objetos que os precedem na chamada.