Testei de uma outra forma, utlizando os ( ) e deu certo, no caso isolei a variavel empate dentro de parentes com o sinal de + , dessa forma ele não iria esta lendo como texto.
var vitorias = prompt("Entre com o número de vitórias.");
var empates = prompt("Entre com o número de empates.");
var pontos = (vitorias * 3) + ( + empates);
mostra("Os pontos do seu time são " + pontos);