Oi, Roxana, tudo bem?
A pula linha que a função tá dando aparece quando dentro do if tiver mais uma outra frase. Como não tem, ela não aparece.
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
//...
if (quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2) {
mostra("Acho que são elementos parecidos");
mostra("Que bom!");
} else {
mostra("São elementos bem diferentes");
mostra("Teste novamente outros valores!");
}
Nesse caso, os espaços vão aparecer. De fato, como só há uma frase, não há necessidade. Mas acredito que o professor colocou para caso o aluno queira escrever um texto de saída maior e ficar melhor formatado. E, sim, ela precisa ser chamada na function mostra(frase).
Parabéns pela observação do código! :}