Notei também que foi utilizado "<=" . Para não ter perigo de esquecer esse sinal de igual eu posso alterar a var para iniciar em "0" no for () ou while() , igual eu fiz no print? Ou é considerado má pratica?

E aí, Caio! A função "mostra()" pré definada por nós, tem um diferencial a mais, ela chama a função "pulaLinha()" logo depois do document.write().

<meta charset="utf-8">

<script>
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase){
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    for(var linha = 1; linha <= 3; linha++) {
        for(var coluna = 1; coluna <= 10; coluna++) {
            document.write("*"); /*Se você chamar mostra() aqui dentro, o pulaLinha()
            virá aqui, logo depois do document.write(), dê uma conferida no código 
            que é executado na função mostra(), seria assim:

            document.write("*");
            pulaLinha();

            Porém queremos que pule linha apenas quando este laço de repetição terminar, ou seja 
            (escreva 10 vezes e pule linha) e não enquanto ele repete (escreva e pule, escreva e pule), 
            por isto chamamos pulaLinha()  depois do fechamento das chaves "}", que indica o limite das instruções 
            do laço for de dentro */
        } // Aqui termina o laço de dentro
        pulaLinha(); // Agora eu pulo linha
    }
</script>

Respondendo sua segunda pergunta. É uma questão de conveniência, o importante é não esquecer de colocar <= quando iniciado em "1", ou esquecer de tirar o igual de "<=", se iniciado em "0".