Ele esqueceu de pedir para a função retornar o calculo. Solução:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha(){
document.write("<br>");
}
function mostra (frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
function calcularImc (altura, peso){
var imc = peso / (altura*altura);
return imc.toFixed(2);
}
var imcCalculado = calcularImc(1.63, 50);
mostra("O imc calculado é: " + imcCalculado);
</script>