A função format funciona normalmente quando a string está toda em uma mesma linha, porém quando se faz a quebra da linha, por sugestão do próprio pycharm, a string fica com os campos vazios como se a função format se perdesse

query = "INSERT INTO arrangement_flex (id_arrangement_flex, id_system_flex, type_f, cii_f, hyd_f, sus_f, exp_f, "+ \
             "f1_f, notes) VALUES (DEFAULT, '{}', '{}', '{}', '{}', '{}','{}', '{}' )".format(str(id_system_flex),
                                                                                              str(type), str(cii),
                                                                                              str(hyd), str(sus),
                                                                                              str(exp), str(f1),
                                                                                              str(notes).replace("'",''))

Resultado da string:
'INSERT INTO arrangement_flex (id_arrangement_flex, id_system_flex, type_f, cii_f, hyd_f, sus_f, exp_f, f1_f, notes) VALUES (DEFAULT, \'258\', \'org\', \'nan\', \'nan\', \'nan\',\'nan\', \'nan\' )'

Quando se deixa na mesma linha o código funciona perfeitamente.