Caso a palavra seja 'banana' e o chute seja 'a', o index deve ser outro, certo? É o que a linha de código index = index + 1 faz dentro do loop for. E ao chutar a letra 'a' vai imprimir:
Encontrei a letra a na posição 1
Encontrei a letra a na posição 3
Encontrei a letra a na posição 5
Ou seja, toda vez que  chute == letra vai imprimir que encontrou a letra em determinada posição (index). O index será incrementado toda vez dentro do loop for mas só será impresso se chute==letra.
Quem joga o jogo da forca precisa saber, além de se acertou ou não uma letra, qual posição ela se encontra na palavra secreta (em caso de acerto) para facilitar encontrar a palavra. É assim que o jogo funciona. 
Por exemplo, banana possui 3 letras 'a' e se seu jogo apenas mostrar se acertou ou não essa letra vai ficar mais difícil saber quantas vezes ela se repete na palavra secreta (em caso de acerto) e também mais difícil de descobrí-la.
Não sei se isso responde sua dúvida. Se ainda não estiver claro, poste novamente aqui.