Solucionado
Não sei se é algum erro meu, mas acredito que o projeto do professor funciona da mesma forma. Quando adiciono um item repetido sem atualizar a página do navegador antes, ele não atualiza a quantidade, e sim cria um novo elemento. Porém, quando atualizo a página antes de adicionar um elemento repetido, ele altera a quantidade certinho. É normal? ou algum erro meu?
Encontrei meu erro, foi na hora de limpar o formulário:
nome.value = " ";
quantidade.value = " ";Estava fazendo dessa forma, e o espaço entre as aspas estava alterando o nome. Então quando eu digitava o item repetido, ele não correspondia com o item já existente, visto que alterava o nome e, consequentemente, tinha um id diferente. Tirando o espaço entre as aspas já funcionou, porém preferi fazer da seguinte maneira:
form.reset();