Fala ai Herbert, tudo bem? Não entendi muito bem o problema, mas irei tentar explicar as maneiras de usar Vue baseado no que eu entendi da pergunta.
Podemos utilizá-lo de forma separado a API, isso é chamado de API First, onde temos a API em um projeto e o front em outro. E através de requisições o mesmo busca as informações na API.
Outra maneira seria a gente colocar o Vue para trabalhar junto com o Marko, basicamente iriamos ter ID"s e instâncias Vue para lidar com a tela, seria uma aplicação Server Side Rendering (SSR). Nesse exemplo apenas o primeiro render seria feito no back.
Mais uma maneira seria tirar o Marko e trabalhar com o Vue diretamente no server, basicamente simulando o cenário anterior onde apenas o primeiro render seria feito no back.
Um outro exemplo para trabalhar com o Vue no lado do server seria utilizar alguma biblioteca que já lida com isso, por exemplo a Nuxt.js.
De todas as maneiras eu prefiro a primeira e em casos onde o SSR é necessário eu iria através da ultima opção.
Espero ter ajudado.