Oi Gabriela, como vai?
De fato é mais seguro o formato X-1, pois realmente o equipamento da gráfica pode variar e neste formato há mais flexibilidade de programas e versões.
Se tudo for compatível, a gráfica consegue dividir em camadas, mas para evitar o risco de não conseguir, eu pessoalmente separo as marcas de corte e dobra e as coloco em outra lâmina, com registros em relação à lâmina com a arte principal. Isso costuma complementar bem com as instruções e preservar a arte sem intervenções sozinha em uma página própria.
Espero ter ajudado
Um abraço! =)