Olá Alexandre, Tudo Bem ?
Minha dica é que mesmo que você visualize e edite seu vídeo no formato AVI, que no caso foi o formato que não apresentou problemas no seu premiere, ao terminar suas edições, você pode exportar o vídeo para outros formatos, seja para mp4, H.264 (Full Hd) , High Quality 1080p HD, Mpeg e outros formatos a mais. Dependendo da sua placa de vídeo, o vídeo que apresentou variação de cor, pode dar alguns bugs quando estão rodando no canvas da sua time lime.
Espero ter ajudado. Fico a disposição para dúvidas, críticas e colocações a mais que você queira ressaltar.
Abraços !