Acredito que fique mais justo a pontuação se, o valor de pontos for dividido pela quantidade de tentativas de acordo com o nível escolhido.

Exemplo: Nível escolhido foi o fácil, que são 20 tentativas. Então se a pontuação começa com 1000, teríamos que dividir isso por 20 e vamos ter 50, esse valor que vamos tirar a cada erro do jogador.

from random import randint
#Apresentação
print('-' * 35)
print('Bem vindo ao jogo de Adivinhação!')
print('-' * 35)

#Número no qual o jogador deve acertar
número_secreto = randint(1,100)

#Configuração do de tentativas
número_tentativas = 0

#Escolha de nível
print('''Escolha o nível de dificuldade:
[1] - Fácil
[2] - Médio
[3] - Difícil''')
nivel = int(input('Defina o nível: '))
if nivel == 1:
    número_tentativas = 20
elif nivel == 2:
    número_tentativas = 10
else:
    número_tentativas = 5

#Sistema de pontuação, definir quantidades de pontos e retirar a cada rodada perdida. O Fator é determinado pelo nível
pontos = 100
retirar = 100 / número_tentativas

#Laço de tentativas
for rodada in range(1, número_tentativas+1):

    #Número no qual o jogador vai inserir
    print(f'Tentativa {rodada} de {número_tentativas}')
    chute = int(input('Digite um número entre 1 e 100: '))
    print(f'Você digitou {chute}!')
    if chute < 1 or chute > 100:
        print('Você deve digitar um número entre 1 e 100!')
        continue

    #Caso o valor do chute seja o mesmo do número secreto, o jagador ganha
    if número_secreto == chute:
        print('Você acertou!')
        break

    # Caso o valor do chute esteja errado, dicas para jogador
    else:
        if chute > número_secreto:
            print('Você errou! O seu chute foi maior que o número secreto')
        elif chute < número_secreto:
            print('Você errou! O seu chute foi menor que o número secreto')
        pontos = pontos - retirar

if pontos > 0:
    print(f'Fim do jogo! Sua pontuação foi {pontos} pontos.')
else:
    print(f'Fim do jogo! Sua pontuação foi {pontos} pontos. O número secreto é {número_secreto}')