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Forge no Linux

Olá Uso o SO Linux Ubuntu, estou tentando usar o comando forge, mas aparece a seguinte mensagem:

FORGE - training program for SNAP (version 2006-07-28)

usage: forge [options] <ann> <dna> [options]
options:
  -help
  -verbose
  -pseudocount <float>  [1]   (absolute number for all models)
  -pseudoCoding <float> [0.0] (eg. 0.05)
  -pseudoIntron <float> [0.0]
  -pseudoInter <float>  [0.0]
  -min-counts           [0]
  -lcmask [-fragmentN]
  -utr5-length <int>    [50]
  -utr5-offset <int>    [10]
  -utr3-length <int>    [50]
  -utr3-offset <int>    [10]
  -explicit <int>       [250]
  -min-intron <int>     [30]
  -boost <file>  (file of ID <int>)

Não consegui achar uma solução para isso. Alguém que usa Linux passou pelo mesmo problema? Como resolveu?

9 respostas

Olá, Janaina.

Você digitou apenas forge?

Olá bom dia!

Digitei forge e sudo forge mas o resultado foi o mesmo.

Bom, esse forge que você está executando é um programa diferente. Você precisa ir até a pasta onde baixou e extraiu o JBoss Forge usando o comando cd no terminal.

Depois é só executar o forge dentro da pasta bin, algo como: './bin/forge'

Foi o que eu fiz, mas quando eu digitocd forge/forge/bin/forge (renomeei o que baixei do site para forge) me dá uma mensagem que isso não é um diretório. Então entrei na pasta cd forge/forge/bin depois digitei forge e deu o mesmo resultado de antes.

Quando entrar na pasta bin não digite forge, digite ./forge

Dentro da pasta forge digitei ./bin/forge só que me deu essa mensagem agora:

Using Forge at /home/janaina/forge/forge-distribution-3.9.2.Final Error: Could not find or load main class org.jboss.forge.bootstrap.Bootstrap

Pesquisei e vi que tenho que baixar uma versão mais atual do JBoss Forge. Maa cho que quando a gente baixa do site já vem a mais recente.

solução!

Agora funcionou!

Quando descompactei o .zip e renomeei, fiz isso na pasta externa e na interna, e quando eu digitei ./bin/forge ele estava procurando o /bin em um diretório com o nome forge-distribution-3.9.2.Final mas como tinha renomeado ele não estava encontrando. Então renomeei novamente a pasta interna de forge para forge-distribution-3.9.2.Final e funcionou.

O caminho ficou assim:

cd forge/forge-distribution-3.9.2.Final

Depois entrei na pasta /bin e executei o forge:

./bin/forge

Obrigada Edson pela ajuda!

Que bom que resolveu! Parece que o forge está com path fixo no código...